В 1957 году по предложению ЦК ВЛКСМ и ЦС ДСО «Урожай», внесенному в правительство, в Барнауле было решено организовать показательную футбольную команду целинников под руководством молодого тренера Василия Фомичева. И уже 2 июня 1957 года наскоро укомплектованный «Урожай» впервые вышел на футбольное поле.

С 1960 года команда стала называться «Темп». Она одержала победы в зональных турнирах класса «Б» — в 1963 и 1964 годах. В 1969 году ведущая футбольная команда Алтайского края перешла в спортивное общество «Динамо». Футболисты получали большую возможность для учебно-тренировочной работы, так как у «Динамо» имелся свой стадион и другие спортивные сооружения.

Во второй лиге «Динамо» под руководством С. Ф. Каминского «Динамо» в 1973 году заняло 2-е место, а в 1974 году — стало победителем зонального турнира. В 1980 году команда снова одержала победу в зональном турнире под руководством В. С. Фомичева.

В 1981 году в 4-ю зону, где выступали динамовцы, включили команды Урала, в том числе и недавно прошедших школу 1-ой лиги свердловский «Уралмаш» и пермскую «Звезду», которые не скрывали, что их задачей является победа в зональном турнире. Однако чемпионом вновь стало барнаульское «Динамо».

По итогам сезона-89 команда добилась повышения своего статуса — на финише уступив омскому «Иртышу» и иркутской «Звезде», «Динамо» получило право играть в Буферной лиге.

С 1992 года барнаульское «Динамо» — участник первенства России по футболу. В 2007 году команда заняла первое место и получила путевку в Первый дивизион ПФЛ. После этого клубу выделено финансирование в размере 75 миллионов рублей из краевого бюджета на сезон 2008 года, однако руководству «Динамо» не удалось сохранить «победный» состав игроков. К сезону 2008 года более половины игроков, выигравших Вторую лигу, покинули команду.